<h2>Koronavirüs testlerinin teknik boyutları &nbsp;</h2>Kaan Uzdoğan<figure class="image"><img src="https://images.aposto.com/images-2020-03-26T19:16:31.621Z.jpeg"><figcaption>Picture Alliance / dpa / Marijan Murat</figcaption></figure>&nbsp;Yeni nesil koronavirüsün ülkemizde de yayılmasıyla birlikte en çok konuşulan konulardan birisi de kesin tanı için kullanılan testler oldu. Peki virüsün testleri nasıl yapılıyor? Ö rRT-PCR Real-Time Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction olarak adlandırılan yöntem diğer patolojik vakaların da tespitinde kullanılıyor ve laboratuvarlarda gerçekleştirilebiliyor. Teknik, vücut hücreleri içeren kan, tükürük, doku gibi numunelerdeki virüsün genetik materyalinin milyonlarca defa çoğaltılarak tespitine dayanıyor.<ul><li>Örneklem: İlk olarak hastanın üst veya alt solunum yolundan steril bir çubuk yardımıyla alınan doku örnekleri tüplerde soğuk şekilde muhafaza edilerek laboratuvarlara gönderiliyor. Örneklem bazı ülkelerde araba içinde alınabilirken evde veya hastanelerde de yapılabiliyor. &nbsp;</li><li>Çoğaltma: SARS-CoV-2 RNA bazlı bir virüs olduğu için virüs RNA’sı ilk olarak izole edilerek DNA’ya çevriliyor ve çoğaltılıyor. Ardından sıcaklık artırılarak DNA sarmallarının arası açılıyor. Karışım soğutularak açılan sarmallara sadece tespit edilmek istenen virüste bulunan nükleotid dizileri olarak tanımlanabilecek primerlerin tutunması sağlanıyor. DNA tutunan bu diziler devamında enzimler yardımıyla kopyalanıyor. Her turda DNA sayısını 2 katına çıkaran bu işlem 30-40 kez tekrarlanarak virüs genetik materyalinin saptanabilir miktara erişmesi sağlanıyor. &nbsp;</li><li>Tespit: Milyonlarca sayıda virüs DNA parçası kopyalandıktan sonra karışımda bulunan özel bir boya, DNA’nın varlığı hâlinde ışıma yaparak sonuçların okunmasını sağlıyor. Buna göre test sonucu pozitif veya negatif olarak belirleniyor. Toplamda işlem birkaç saat sürse de numunenin alınmasından sonucun hastayla paylaşılmasına kadarki süreç birkaç günü bulabiliyor.&nbsp; &nbsp;</li><li>Protokoller: PCR tekniği pratikte hangi primerlerin baz alındığından ne tip makinelerin kullanılacağına, birçok açıdan farklılık gösterebiliyor. Bu sebeple ülkelerin sağlık örgütleri belli protokoller belirleyerek bunları Dünya Sağlık Örgütü ile <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/laboratory-guidance">paylaşıyor</a>.&nbsp; &nbsp;</li><li>Hata: PCR testleri yüksek kesinliğe sahip olsa da hassasiyeti aynı derecede yüksek değil. Yani hasta gerçekte enfekte olsa bile testler negatif <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://ourworldindata.org/covid-testing">sonuç verebiliyor</a>. &nbsp;Virüsün solunum yolu dokularında bulunmaması, örneklem veya muhafaza hataları bu duruma sebep olabiliyor. Bu nedenle semptomları devam eden veya ağırlaşan hastalar tekrar test ediliyor. &nbsp;</li><li>Kapasiteler: RT-PCR testleri teknikerler tarafından laboratuvarlarda özel cihazlarla temin edilen test kitleri kullanılarak yapılıyor ve yöntemin kendisi birkaç saat sürüyor. Sağlık Bakanı Fahretin Koca'nın paylaştığı güncel verilere göre Türkiye’de şu ana kadar toplamda 40.290 test yapılmışken, bir günde yapılan en yüksek test sayısı ise 5.035 olarak belirtiliyor. Testleri gerçekleştiren 25 hastane <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://tr.sputniknews.com/turkiye/202003131041589934-koronavirus-testinin-yapildigi-25-hastane-aciklandi/">bulunuyor</a>. Ayrıca test kitlerini <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://egirisim.com/2020/03/19/bioeksen-corona-virus-tanisini-90-dakikada-koyabilen-kit-gelistirdi/">üreten</a> ve hâlihazırda ihracatını yapan Türkiye merkezli firmalar <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.vice.com/en_us/article/v74qj3/i-make-coronavirus-test-kits-for-a-livingwe-are-all-working-in-a-frenzy">mevcut</a>. ABD’de 2 hafta öncesine kadar 10 binin altında test <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://twitter.com/COVID2019tests/status/1240296031406915584">yapılabiliyorken</a> bu sayılar artarak günlük 50 binin üzerine çıkmış <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://covidtracking.com/us-daily/">durumda</a>. Güney Kore günlük 12 bin civarında test gerçekleştirirken 20 bin civarında kapasiteye <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://time.com/5804899/u-s-coronavirus-needs-follow-s-korea/">sahip</a>. Almanya’nın da haftalık 300 bin test kapasitesine sahip olduğu <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://m.tagesspiegel.de/wissen/spahn-ueber-coronavirus-pandemie-noch-ist-das-die-ruhe-vor-dem-sturm/25560996.html">ifade ediliyor</a>.&nbsp; &nbsp;</li><li>Bir başka yöntem ve alternatifler: Serolojik testler hastadan alınan kan örneğinde antikor veya antijenlerin saptanmasına dayalı. Antikor testleri bağışıklık sisteminin geliştirdiği proteinleri temel aldığı için testin sonuç vermesi hastalığın başlangıcından itibaren bir hafta <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.livescience.com/how-coronavirus-tests-work.html">sürebiliyor</a>. Farklı olarak ise antikor testleri hasta iyileştikten sonra da sonuç verebiliyor. Bu testler daha hızlı ve kolay şekilde uygulansa da daha düşük kesinlik değerlerine sahip ve seçici değil. Yakın zamanda geliştirildiği duyurulan çoğu test bu yönteme dayalı. Bu iki temel yöntemin dışında dünyanın dört bir yanında araştırmacılar <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.sciencemag.org/news/2020/03/standard-coronavirus-test-if-available-works-well-can-new-diagnostics-help-pandemic">CRISPR </a>ve <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.brusselstimes.com/all-news/eu-affairs/102850/coronavirus-emergency-legislation-planned-by-eu-member-states/">antijen</a> saptamasına dayalı testleri geliştirmek ve kullanıma sunmak için çaba sarf ediyor.&nbsp; &nbsp;</li></ul>Geliştirilmekte olan ve kullanımdaki testlerin listesine <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.finddx.org/covid-19/pipeline/">buradan</a> ulaşabilirsiniz.PCR ile ilgili daha detaylı açıklamayı buradaki Khan Academy videosundan <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.khanacademy.org/science/biology/biotech-dna-technology/dna-sequencing-pcr-electrophoresis/v/the-polymerase-chain-reaction-pcr">edinebilirsiniz.</a>

Aposto Gündem

<h2>Tıp dünyasının en güncel mücadele alanı: Covid-19</h2><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.linkedin.com/in/berkebozkurt/">Dr. Berke Bozkurt</a>Dünya, en güncel küresel krizle mücadelede aklın ve bilimin yolunu izliyor. Biz de bu yazıda komplo teorilerini ve sosyal medyadaki iddiaları bir kenara bırakıp, bilimin bizlere Aralık 2019’da Çin’de ortaya çıkan Covid-19 ile ilgili Nisan 2020’ye kadar öğretmiş olduklarını gözden geçiriyoruz.<ul><li>Covid-19:&nbsp;İnsanları enfekte edebilen koronavirüs ailesinin yeni ve yedinci üyesi olan SARS-CoV-2 virüsünün sebep olduğu hastalık, Covid (Coronavirus Disease)-19 olarak adlandırılıyor. Toplum içerisinde “nezle” olarak bilinen hastalığa yol açan virüsler oldukları için bu ailenin 4 üyesini yakından tanıyoruz. Kalan 2 üyeyi ise, 2002’de SARS, 2012’de de MERS salgınlarının sebebi olarak biliyoruz. Salgının başlamasının ardından bilim insanları tarafından yapılan gen sekanslaması, bu virüsün SARS virüsüne benzediğini gösteriyor ve ailenin yeni üyesi SARS-CoV-2 olarak adlandırılırken SARS olarak bilinen virüsün ismi de SARS-CoV-1 olarak revize ediliyor. &nbsp;</li><li>Bulaş ve semptomlar: Virüs havada bulunan damlacıkların solunumu veya viral partiküllerin genellikle eller gibi bir vektör aracılığıyla ağıza, buruna veya konjüktivaya (gözün ak maddesi) temas etmesi hâlinde önce üst solunum ardından alt solunum yoluna giriş sağlıyor. ACE2 reseptörlerine bağlanıyor ve hücreyi işgal ediyor. Pozitif RNA ipliği dediğimiz bir yapı ile hücrelerimizin protein üretme mekanizmasını ele geçirerek kendi proteinlerini üretiyor. Yeterli miktarda üretilen proteinden sonra hücre patlıyor ve birçok viral partikül başka hücreleri, aynı mekanizma ile enfekte ediyor. Şimdiye kadar yapılan çalışmalara göre 2 ila 14 gün içerisinde ortaya çıktığı bilinen, 2000 hastada kaydedilen ve 10 farklı makaleden elde edilen bir meta-analize göre sıklıkla şu semptomlar görülüyor: <ul><li>Ateş (%88,5)</li><li>Öksürük (%68,6)</li><li>Kas ağrıları ve hâlsizlik (%35,8)</li><li>Balgam çıkarma (%28,2)</li><li>Nefes darlığı (%21,9) &nbsp;</li></ul></li></ul>Bunun yanı sıra Vuhan'daki 72.314 kişilik bir hasta grubu çalışmasında, %80,9 oranında hastalığın hafif semptomlar ile geçirildiği kaydedilmiş. Aynı grupta ölüm oranı ise %2,3.<ul><li>Hastalığın seyri ve takibi: Her ne kadar vakadan vakaya değişse de hafif ve orta seyirli hastaların çoğu evden takip ediliyor. Bir veya birden fazla kronik hastalığa sahip olan bireyler, enfeksiyonun özellikle ikinci haftasında kötüleşmesi olasılığıyla, genellikle sıkı gözetim altında tutuluyor. Covid-19 sebepli zatürre, ARDS, sepsis, multi-organ yetmezliği, kardiomiyopati, aritmi, akut böbrek yetmezliği ve sekonder gelişen bakteriyel zatürre gibi komplikasyonlara sahip olan ya da potansiyel taşıyan ağır seyirli hastalar ise serviste ve yoğun bakımda takip ediliyor. &nbsp;</li><li>Tedavinin bulunması için yürütülen klinik çalışmalar:&nbsp;Şu an Covid-19'un onaylanmış bir tedavisi yok fakat onaylanma sürecinde olan ve denenen pek çok molekül var.&nbsp; <ul><li>Klorokin ve hidroksiklorokin: Birden fazla faz II ve III çalışmaları yürütülüyor. Enfekte olma sürecindeki ve vücudun enfeksiyona karşı verdiği tepkideki pek çok aşamayı modüle eden bir ilaç. Şu an Çin’de rutin tedavide kullanılıyor. Hafif-orta seyirli hastaların semptomatik sürecini azalttığı konusunda bilgiler mevcut. Profilaktik (enfekte olmadan korunma) etkisinin olup olmadığı da araştırılıyor fakat profilaksi için onay aldığı takdirde, ilacın hedef kitlesi sadece sağlık çalışanları.&nbsp; &nbsp;</li><li>Remdesivir:&nbsp;Birçok faz III çalışması yapılıyor. Viral proteinleri ve replikasyonu durduyor. Daha ağır seyreden ve zatürre tablosunun ortaya çıktığı hastalarda kullanımı mevcut. &nbsp;</li><li>Tocilizumab ve Sarilumab:&nbsp;Bu ilaçlar içinde faz III çalışmaları devam ediyor. Vücudun enfeksiyona verdiği tepkiyi azaltmak için kullanılan moleküller. Ağır seyirli, komplikasyon geliştiren hastalarda kullanılıyor. &nbsp;</li><li>İyileşmiş ve antikor cevabı vermiş bireylerin plazması: Aslında çok kadim ve sebebini bulamadığımız pek çok durumda ve enfeksiyonda kullanılan bir yöntem. Özellikle ağır hastalarda kullanılmak üzere ülkemizde uygulanması planlanan ve dünyada üzerinde çalışılan bir modalite.</li></ul></li></ul> Bu moleküllerin yanında ribavirin, baricitinib, favipiravir ve interferon beta ile ilgili de çalışmalar devam ediyor.

SARS ile ilgili hikayeler